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”“通几护质测之穷。”“不可以质测废通几，不可以通几废质测。或质测，或通几，不相坏也。”
方以智通过自己深厚的自然科学修养和哲学修养，对当时的西方传教士传过来的知识进行了批判性的吸收，他说“远西学人，详于质测而拙于通几；然而志士推之，彼之质测，犹未备也。”
方以智通过对《崇祯历书》中第谷宇宙体系的分析得出结论“绝对静止的天是不存在的，所谓‘大造之主’不过是运转不已的自然之天体。传教士所谓的上帝不过是臆说。他用理论用逻辑批判了传教士的创世说，讽刺他们‘详于质测而不善言通几，往往意以语阂’。”
十七，军事上
徐光启在崇祯四年（1631年）上疏建议组建以全火器装备的现代化陆军：“臣今所拟，每一营所用双轮车一百二十辆，炮车一百二十辆，粮车六十辆，共三百辆。西洋大炮十六位，中炮八十位，鹰铳一百门，鸟铳一千二百门，战士两千人，队兵二千人。……行之为阵，止之为营。遇大敌，先以大小火器更迭击之；……敌在近，则我步兵以出击之；若铁骑来，直以炮击之，亦可以步兵击之。此则实选实练所致，非未教之民可猝得也。而不如是，又不足以破敌。……臣言三聚当用6万人。若悉皆招募，费必不资，亦未可遽得。……若先练一营之人，先办一营之器，两者齐备，既成营矣。一营既成，更办次营，6万人当为15营。若成就四五营，可聚可散，则不忧关内；成就十营，则不忧关外；十五营俱就，则不忧进取矣。倘止完一二营，仅可协助大城为守，未堪野战也。此臣所谓车战之制，应须选募同强，教练同习，营阵同法，器械同利者也。其见在之兵，则速召孙元化于登州，令统兵以来，可成一营矣。”
这个计划得到了崇祯皇帝激切赞赏和大力支持。
遗憾的是几个月以后孙元化被卖国贼叛军孔有德俘，后放回，孙元化因为渎职罪而被处死。使得徐光启的练军计划落空，但他却已经指明了中国近现代军事的发展方向了。没有满清的中断，中国在军事上只会领先于同期的西方而不可能落后。
这里介绍一下孙元化，他是徐光启的学生，也是徐光启新军事思想的大力实践者，孙元化本身在科学上有相当造诣，著有《几何体论》《几何用法》《太西算要》。可以说没有登州事变，没有孔有德这个丧心病狂的卖国贼的叛变，他会训练出一支相当强大的火器部队来，彻底歼灭满清是没有问题的。
十八，海洋力量
郑芝龙在明朝官方的支持下发展成为拥有三千多艘海洋贸易船只，超级庞大的海上贸易集团。根据当时书籍记载，当时郑芝龙集团势力已经达到“凡海舶不得郑氏令旗，不能来往，每舶例入二千金，岁入以千万计，以此富敌国。”
在王春瑜《闽南海商势力的扩张》一文中说，崇祯元年，荷兰人，和许心素联手在东山岛海面上向他发动攻击，郑芝龙盛怒之下出动千艘船只捕获荷兰人的两艘大船和85名荷兰船员。不久又攻入厦门港，把许心素抓获处死并再捕获一艘荷兰船和一艘快艇。等到强大的中国海盗集团刘香势力崛起之后，“荷兰人与刘香勾结，在1633年7月12日突袭厦门，把港内郑芝龙水师的二、三十艘战船击沉或烧毁，这些被破坏的船只每艘上面配备有16门、20甚至36门的大炮，可见郑芝龙的明军水师实力强大到什么程度。而在短短两三个月内，郑芝龙竟能连续对荷兰人发动两次庞大的海上反攻。出动包括五十艘特大战船在内的150艘战船，使刘香海盗集团和荷兰人遭受到重创。最后彻底消灭了强大的刘香海盗集团，并使荷兰殖民强盗受到沉重打击。这种战果在中外交锋的历史上是罕见的。也奠定了郑芝龙的明军海上力量在这片海域上的霸主地位。荷兰人在见识了他的厉害之后，改变了对他敌对的态度，与他合作，以求在几乎完全由他垄断的贸易中得到一些好处。”
荷兰的东印度公司根本无法和郑芝龙集团竞争，无论在军事上，还是在贸易上，都是如此。德国学者Aldreehewiltn说“他除靠那一项强暴的营业税收（每舶例入二千金），又靠本身的投机生意，而终于积攒起一笔莫大资产，他的船只计有三千，他令其船主们巡航到暹罗、马尼拉、马六甲等地，就豪华以及财富而论，他凌驾在他君主之上”。
当时就连郑氏家族手下其他成员，都富可敌国，如户官郑泰“守金门，资以百万计”，“富至千万”，“少者百万”。
我们还可以从另外一些方面看看这个中国的海上集团当时强大富裕到什么地步。《明末中国的私人海上贸易》中说“崇祯元年，台湾荷兰长官与郑芝龙订立为期三年的购货合同，议定郑芝龙每年向荷兰交付生丝一千四百担，糖五千担，糖姜一千担，绢绫五千担，荷兰人支付29万9700元，这项合同后因荷兰东印度公司缺乏现金作罢。”
接替郑芝龙的郑成功集团，虽然实力至少缩水一大半，但仍旧拥有惊人的财力。郑成功为了抗清，筹集资金，发展海上贸易，设立“裕国库”和“利民库”，相当于现在的大银行，为海商们提供资金进行贸易，顺治十一年，海商曾定老一次就领出25万两白银，进行出海贸易；顺治十二年领出5万两商贩日本，十一月又领出10万两。”
十九、机械工程学与物理学
明朝人王徵，万历二十二年中举人，天启二年中进士，根据台湾方豪先生著《中西交通史。王徵自制自行车、自转磨、虹吸、鹤饮、刻漏、水铳、连弩、代耕、轮壶，同乡人把他当作诸葛孔明复出。
王徵和金尼阁合作翻译《西儒耳目资》，是中国第一部罗马字注音专著。
王徵和西方传教士邓玉函合作翻译编写创作《远西奇器图说》，是中国第一部系统引进西方机械工程学与物理学的著作。
王徵在自序中说明了自己的取舍原则：“不甚关切民生日用……又非国家工作之所急需，则不录，特录其最切要者。”
全书分三卷，第一卷导言九则：
（一）列举从事机械学必须先学习的七个学科；
（1）重学（2）借资（3）格物穷理之学（4）度学（5）数学（6）视学（7）吕律学
（二）列举参考书十八种（都是当时明朝政府和民间已经组织编写或者翻译出版的书籍）
（1）《勾股义》（2）《圆容校义》（3）《浑盖通宪图说》（4）《泰西水法》（5）《几何原本》（6）《坤舆全图》（7）《简平仪》（8）《浑天仪》（9）《天问略》（10）《同文算指》（11）《敬天实义》（12）《畸人十篇》（13）《七克》（14）《自鸣钟说》（15）《望远镜说》（16）《职方外纪》（17）《西学或问》（18）《西学凡》
（三）列举工具十九种
（1）度数尺（2）有验地平尺（3）合用分方分圆尺（4）分方分圆各由一分起至十分尺等（5）规矩（6）有两足规矩（7）三足规矩（8）两螺丝转阖闭定用规矩（9）单螺丝转阖闭任用规矩（10）画铜铁规矩（11）画纸规矩（12）作鸡蛋形规矩（13）作螺丝转形规矩（14）移远画近规矩（15）写字以大作小以小作大规矩（16）螺丝转母（17）活锯（18）双翼钻（19）螺丝转铁钳
（四）记号，列拉丁字母二十，附葡文读法之华字对音
（五）每所用物品名目，六十六项
（1）柱分长柱（2）短柱（3）梁分横梁（4）侧梁（5）架分高架……斜轮、飞轮、行轮、星轮、鼓轮、齿轮、……
（六）列举动力二十九种
（下略）
卷一研究力学，“言重、重心、重容、比例以及其他问题。
卷二论述机械学基本原理，言天平、等子、杠杆、滑车、轮、螺丝，还有斜面等问题。
卷三是图说。
除了和邓玉函合作的《远西奇器图说》外，王徵还有独立撰写的《新制诸器图说》，记录的是他个人的发明如自行磨、自行车、轮壶、代耕等等。
王徵另外有一部他写的手稿，是对他的《新制诸器图说》补充，新增加了二十四种机器。
天球自转，地堑自收，……水轮自汲、水漏自升、火船自去、火雷自轰、风轮转重、风车行远、云梯直上、云梯斜飞、气足发矢、……、自转常磨、自行兵车、活台架炮、活钳擒钟、……神威惊敌。
在王徵写的其他著作中还收录一些其他发明的机器，如运重机器，活动地平，生火机，西洋神器测量定表，活闸自动开闭及常闸上下转移之器，榨油活机，螺丝转梯等等。
王徵在崇祯年间去登州协助孙元化训练火器新军，是孙元化的一个得力助手，应是在孔有德的登州叛乱中遇害了。
二十现代医学的萌芽
引用李申著《中国古代哲学和自然科学》：“不论对错利弊如何，明代医学家都力求在医学领域走一条古人没有走过的路。这种探索最积极的成果，就是李时珍《本草纲目》和吴有性的《瘟疫论》。李时珍的《本草纲目》实事求是，不迷信古人，其正确性超过了以往所有本草学著作。……吴有性的《瘟疫论》透露着中华新医学的曙光。
“吴有性认真考察了瘟疫的起因、症状，写出了他的《瘟疫论》……
“现代医学的发展，主要得益于细菌病因说。虽然许多病因并非细菌，现代医学也有赖于生理学甚至生物、化学的成就，……
“吴有性的成就，主要就是冲破传统的病因说。”
吴有性根据自己对瘟疫的观察，把致病的病因抽象出厉气的概念（就象现代医学起初得出病毒的概念，抽象出病菌的概念，以及生物学最初得出基因的概念一样）他描绘出厉气致病的17个特点：
……
……
“吴有性的叙述，就是从今天的观点看来，也难有更多的挑剔。”
“在六气之后，致病的真正原因是杂气。所以一定要找到致病的杂气，并且要寻找新的治病方法。这一切都是新医学的曙光。
“然而曙光初露，吴有性即遭亡国之痛，他的事业已经无人继承下来。”
所有上面这些列举出来的方面都可以看出明代中国与近现代中国的接轨，但遗憾的是由于满清的统治，导致文明的发展被拦腰截断，中国的文明倒退停滞了三百年的时间！
另外我上面列举的人物决大部分在明灭亡前就死掉了，都是正宗的明朝人，少部分跨越明清的人物，也都是在明朝培育下长大的，正如龚鹏程所说“明朝灭亡时，吴梅村已经三十六岁，黄梨州三十四岁、方以智三十四岁、顾炎武三十二岁，王夫之二十五岁，朱舜水44岁，傅山38岁，李渔三十四岁，张岱47岁，金圣叹36岁，陈确40岁，这些人的气格及思想体式早得成就。”
顾炎武有诗名《精卫》：
“万事有不平，尔何空自苦；长将一寸身，衔木到终古？我愿平东海，身沉心不改；大海无平期，我心无绝时。”
他为反清事业奔波一生，虽无力回天，也誓死不愿和清廷合作，这诗里愤懑难平之意；溢于纸上；可见其心志。
或有人觉得这样孤介倔强；是迂腐不达时务，不象范文程吴三桂洪承畴施琅那么“深明大义”，能够为“民族团结”卖命效力。这样�